El Sistema de Investigación y Educación Agrario puede dividirse a su vez en el Sistema de Investigación Agrario y Sistema de Educación para la Agricultura. Ambos sistemas están estrechamente vinculados, puesto que el Sistema de Investigación Agrario requiere de la formación de capital humano avanzado que le provee el Sistema de Educación para la Agricultura, además los estudiantes de post-grado son personal clave para los proyectos de investigación y desarrollo de las universidades y centros de investigación. Los principales actores del Sistema de Investigación Agrario son las Universidades, Institutos Tecnológicos, Centros Científico Tecnológicos y Empresas, que realizan investigación básica, investigación aplicada y desarrollo tecnológico en el ámbito agrario.