En Chile la AFC presenta brechas y desafíos que limitan y condicionan su inserción definitiva en los mercados de mayor rentabilidad. Esta situación es de vital importancia si se desea romper la marginalidad, pobreza y falta de oportunidades que históricamente ha caracterizado a este segmento de la agricultura. Dentro de las razones que explican la exclusión de la AFC se encuentra la producción atomizada, producción de commodities con escaso valor agregado, baja capacidad financiera que impide la inversión e innovación, el escaso desarrollo de habilidades de gestión de negocios; y últimamente, las exigencias de certificaciones de calidad e inocuidad de los alimentos por parte de los mercados compradores cada vez mas exigentes. Por lo anterior, la innovación es clave en la generación de ventajas competitivas para la AFC, a través de la incorporación de tecnología y gestión de procesos industriales novedosos, como también comerciales. Sin embargo, el proceso innovador no estará al alcance de este segmento sin la participación y el apoyo de instituciones del estado e instituciones que desarrollen innovación.