Un gran desafío de la salmonicultura lo constituye el paso de los peces desde agua dulce al medio marino, proceso llamado esmoltificación. Durante esta etapa, los peces sufren una serie de cambios fisiológicos que junto con el transporte y los manejos propios de sistemas de cultivo intensivo a los que están siendo sometidos los salmones en el país, les provoca un alto nivel de estrés. Este estrés, que se origina a nivel del sistema nervioso central, es capaz de producir la muerte de un importante número de peces y también una baja en la inmunidad y en las condiciones generales de los peces que sobreviven. En la industria nacional se ha descrito entre un 5 a un 30% de mortalidad al entrar al mar, dependiendo de los eventos estresantes a los que son sometidos.