La comuna de Arica y Parinacota presenta serios problemas en la calidad de sus suelos agrícolas. La alta salinidad del agua y la presencia de contaminantes como metales pesados, boro y arsénico contaminan los suelos provocando bajos rendimientos y acotando la actividad agrícola a algunos cultivos tolerantes, situación que afecta el establecimiento de rotaciones. Además, en algunas temporadas la pérdida de suelos como consecuencia de la crecida de los ríos, arrastra numerosas hectáreas de cultivos.