Para el cultivo orgánico de quinoa se deben implementar prácticas que permitan el incremento de la fertilidad del suelo, a través del aumento de la materia orgánica y de la actividad de microorganismos, construir fertilidad y mantenerla en el largo plazo. Dentro de la diversidad de genotipos existentes en Chile se debe elegir aquellas que cumplan con : vigor, pureza, de buen calibre, uniforme, limpia (sin malezas ni impurezas) y de emergencia y crecimiento inicial rápido.