La comuna de Arica y Parinacota presenta serios problemas en la calidad y caudal de aguas de riego. La alta salinidad del agua, sumado a la alta carga de contaminantes (metales pesados, boro y arsénico) de algunas localidades disminuyen los rendimientos, acotan el uso de la producción a algunos cultivos tolerantes y obligan al agricultor a usar altas cargas de agua en la fracción de lavado para el riego. En consecuencia la mala calidad del agua conlleva inevitablemente a una disminución de la eficiencia del uso del agua. Un análisis de la situación actual del recurso hídrico en la Región revela que las napas de agua en el valle de Azapa han disminuido el último año en un 30% encontrándose el espejo de agua a 80 metros .