La producción intensiva de trucha arcoíris y salmón del Atlántico ha experimentado un espectacular crecimiento, ubicando al país entre los mayores productores mundiales. Sin embargo, la aparición y recrudecimiento de diversos patógenos bacterianos como Piscirickettsia salmonis, Flavobacterium psychrophilum, Vibrio ordalii y Aeromonas salmonicida atípica, entre otros, han provocado una significativa merma productiva debido a las altas mortalidades y/o morbilidad en las diferentes fases del ciclo de vida del salmón, lo que trae como consecuencias una disminución de la productividad de los cultivos. Por otra parte, la aparición y recrudecimiento de patógenos bacterianos ha estado ligado al uso indiscriminado de antibióticos, lo que ha traído consigo consecuencias ambientales negativas así como también cuestionamientos a nivel de los países importadores, y en particular por parte de los consumidores. La condición sanitaria actual de la industria salmonera y acuícola nacional, hace necesario conocer el estado real de los tipos de cepas bacterianas, sus niveles de patogenicidad, su susceptibilidad a antibióticos y la distribución geográfica de estos patógenos en los planteles chilenos. Así mismo, es necesaria la existencia a nivel nacional de una entidad responsable de generar y transferir a los diversos actores de la industria salmonera técnicas diagnósticas estandarizadas para la detección de patógenos bacterianos locales así como realizar la caracterización de los mismos y mantener una colección de las cepas aisladas.